Accès aux ressources

Mode d'emploi

Cet article vous guide pas à pas dans l’accès aux ressources de calcul du méso-centre de l'Université.

Étape 1 : Obtention d’un login et d’un mot de passe

Après nous avoir contacté via le support, par mail, téléphone, ou tout autre moyen de discussion, nous vous créons un compte. Ce compte n'est pas lié à votre compte de messagerie de l'Université ou du Cnrs.

Vous pouvez également nous contacter par mail ou via le support informatique de l’Université (support at unistra.fr, 03 68 85 43 21) pour nous faire part de votre demande d’accès.

Étape 2 : Connexion aux ressources

Nous vous invitons à vous connecter sur hpc-login.u-strasbg.fr par ssh :

ssh -Y login@hpc-login.u-strasbg.fr

L’option -Y permet de propager l’affichage graphique.

Vous êtes alors connecté sur une machine à processeur de la famille x86_64 (compatible Intel 64 bits), sous le système d’exploitation Linux.

Sur nos ressources de calcul, vous pouvez :

  • travailler en interactif, c’est-à-dire lancer directement vos programmes. C’est le mode de travail idéal pour développer et tester vos codes.
  • Soumettre des travaux à un gestionnaire de files d’attente. Ce mode de fonctionnement vous donne accès à une puissance de calcul considérable de manière très souple. C’est le mode de travail idéal pour exécuter une application stable sur de nombreux jeux de données.

Étape 3 : Découvrir votre environnement

Une fois connectés, vous avez accès à l’ensemble des logiciels de l’environnement standard.

Cet environnement comprend :

  • les outils habituels du système Linux ;
  • un ensemble d'applications scientifiques pré-installées ;
  • les compilateurs optimiseurs dont vous aurez probablement besoin pour préparer vos applications avant de les exécuter (plusieurs compilateurs disponibles, référez-vous à la liste des applications) ;
  • si vous êtes concernés, l’environnement de programmation parallèle MPI (Message Passing Interface) ;
  • les outils nécessaires à l’utilisation du système de files d’attente, très simples.

Étape 4 : Lancer vos applications

Commencez par recopier vos application sur nos machiness, depuis votre poste de travail sous Linux. Elles fonctionnent peut-être sans recompilation. Essayez de les lancer comme vous le feriez sur votre poste de travail.

Si cela ne fonctionne pas, recompilez vos applications. Contactez-nous si vous avez besoin d’assistance. Nous répondons rapidement aux demandes qui nous parviennent par le support informatique de l’Université. Indiquez "Calcul Scientifique" dans le sujet.

Une fois que l’application fonctionne, écrivez un script de soumission au système de files d’attente.

N’hésitez pas à nous contacter via le support si vous avez besoin d’assistance ou de formation à ce sujet.

Ressources de calcul disponibles

Au 01/01/2016, les ressources de calcul disponibles pour la communauté sont composées de 500 TO de stockage, d'environ 5200 coeurs de calcul, environ 24TO de mémoire vive, le tout réparti sur environ 380 noeuds de calcul.

  • 56 noeuds Intel Xeon Nehalem/Westmere à 24 GO de RAM, financés par mutualisation
  • 145 noeuds Intel Xeon Sandy-Bridge à 16 coeurs et 64 GO de RAM, financés par l'Equipex Equip@Meso avec le soutien du conseil scientifique de l'Université de Strasbourg
  • 150 noeuds Intel Sandy et Ivy Bridge, Westmere de 16 ou 24 coeurs et de 64 GO à 128 de RAM, financés par mutualisation
  • Ces noeuds hébergent plus de 60 d'accélérateurs GPU ou Xeon PHI, financés par Equipex et par mutualisation, dont 16 cartes K80 et 20 cartes K20.

Tous les processeurs sont d'architecture x86_64 (Famille Intel 64 bits). Chaque coeur de calcul est associé à 2, 4 ou 8 GO de mémoire vive. L'image suivante (lien cliquable) vous donne accès à la charge d'une partie des ressources de calcul à un instant donné.

Charge d'une partie des ressources de calcul

Le système mis à votre disposition est Scientific Linux 6.5 (équivalent RedHat même version).

Afin de permettre à tous l'accès équitable aux ressources de calcul, vous devez utiliser un système de files d'attente pour y soumettre vos travaux. Avantage : une fois que les ressources de calcul sont mises à votre disposition, elles vous sont exclusivement réservées. Le système de files d'attente en place au méso-centre de l'université s'appelle Slurm : voir le mode d'emploi de Slurm.

Pour le développement et l'expérimentation de vos applications, nous mettons à votre disposition un serveur frontal équipé de 32 coeurs et de 256 GO de RAM, qui vous permet d'avancer rapidement dans votre cycle de développement. Ainsi, vous n'utilisez le système de files d'attente que pour les codes stabilisés.

Les applications disponibles sur les ressources de calcul sont référencées ici.